A Loja Mãos de Mestre também é resultado da busca pela autossustentabilidade da Fundação Aleijadinho. Ela funciona na sede da Fundação e oferece produtos em mosaico, pátina e decoupagem, produzidos pelos instrutores dos cursos de artesanato. Além de dar oportunidade a outros artesãos de exporem seus trabalhos para a venda, também oferece cursos artesanais que contribuem para a qualificação e formação de novos artesãos.
Na loja são encontradas peças artesanais como bandejas, espelhos, caixas, vasos e artigos de decoração confeccionados em mosaico de azulejos e pastilhas, cartonagem e marchetaria. Lá são encontradas também bijuterias, blusas, estandartes, bolsas e caixas personalizadas, dentre outros. A Loja Mãos de Mestre existe há 5 anos e todo o dinheiro arrecadado é revertido para os projetos desenvolvidos pela Fundação.